委託中國醫藥大學經營的台南市立安南醫院於二月初正式營運，提供廣大安南區鄉親就醫便利性，但市議員邱莉莉卻指出，安南醫院屬於地區性醫院，但其住院病房收費卻比照南市成大和奇美兩大醫學中心，不但比同屬中國醫藥大學附設的幾所分院都高、甚至收費也高過位於市區的市立和署醫不少，邱莉莉批評地區性醫院病房卻出現醫學中心收費，對安南區附近鄉親不公，違背當初設院旨意，也有民眾反映夜間總機無人接電話，她要求衛生局應督導安南醫院營運品質。

邱莉莉表示，安南醫院健保負擔自付額雙人房目前收費一天1,500元、單人房2,500元，直追成大和奇美兩大醫學中心，比較中國醫藥大學其他附屬醫院，北港分院雙人房是自付差額1,200元、單人房2,000元，豐原分院雙人房900元、單人房1,600元，草屯分院單人房2,000元，同為中國醫藥大學體系的經營醫院，為何病房收費差異明顯？另外，比較在東區的市立醫院、中西區的署醫雙人房自付額收費1,000元、單人房2,000元，安南醫院的病房收費也都高一天都高500元，安南醫院的病房收費雖然沒有違背標準，但一所BOT性質的市立醫院竟出現這種高等級的收費，衛生局有必要進行溝通，以維護市民權益。

另邱莉莉也針對台南市偏遠地區醫療照顧進步有限提出批評，邱莉莉指出，原本衛生局評估打算在玉井山區設置復健中心，但今年的施政計畫書相關預算編列卻是零，經詢問才知可能不設；而衛生署101年度所開辦「獎勵偏遠地區設置在地且社區化長期照護服務據點計畫」，也只有成大醫院進駐龍崎區服務，衛生局協助的力道不足，偏遠地區緊急醫療網路改善停留空喊階段。